Z pierwszego pola do wyścigu wyruszył Dani Pedrosa i po świetnym starcie jako pierwszy wjechał w 1. zakręt i utrzymał prowadzenie. Valentino Rossi musiał pomęczyć się chwilę z innym Włochem - Andrea Dovizioso który wystrzelił zza jego pleców, przedzierając się na drugie miejsce. Najgorzej z czołówki wystartował Jorge Lorenzo, który spadł na siódme miejsce.
Dani Pedrosa nie był w stanie uciec Rossiemu. Ale utrzymywał się na prowadzeniu i odpierał ataki Włocha. Natomiast tempo jazdy Dovizioso spadło dosyć szybko i w rezultacie zaraz za nim ustawiła się czwórka motocyklistów, mających ochotę na wyprzedzenie go. Pierwszym z nich był Nicky Hayden, który zapewne chciał coś udowodnić członkom swojego zespołu, przychylnym Daniemu Pedrosie. Piąty podążał Casey Stoner. Dla odmiany Australijczyk miał w głowie dokładny plan na wyścig. Chciał zapewnić sobie już dzisiaj tytuł wicemistrzowski, jak najmniejszym nakładem sił. Trzeba pamiętać że Stoner zaraz po posezonowych testach nowego motocykla przejdzie skomplikowaną operację dłoni.
Valentino Rossi pomimo zdobycia już w tym sezonie mistrzostwa świata, dalej naciskał na Daniego Pedrosę. W końcu się udało i Włoch wysunął się na prowadzenie, a w takim układzie szanse Pedrosy na wicemistrzostwo zmalały prawie do zera. Rossi miał na tyle dobre tempo, że zaczął oddalać się od Hiszpana.
Druga część wyścigu także była bardzo ciekawa. Między kolejnymi motocyklistami wywiązała się bardzo widowiskowa walka. Za plecami Rossiego podążało kolejno czterech motocyklistów Hondy. Nicky Hayden przypuszczał coraz bardziej odważne ataki na Dovizioso, jeżdżącego w satelickim zespole JiR Honda. Włoch, tegoroczny debiutant, nie stał w tym roku jeszcze na podium, dodatkową motywacją dla niego mogło być to, że utrzymuje pozycję przed maszyną zespołu, w barwach którego będzie startował za rok, czyli fabrycznego Repsol Honda.
Shinya Nakano, klubowy kolega Dovizioso, naciskał natomiast na Caseya Stonera i w końcu wyprzedził Australijczyka któremu szóste miejsce zapewniało wicemistrzostwo. Wyglądało również na to, że Stoner jest po prostu wyczerpany walką przy 42 - stopniowym upale.
Dodatkowo pecha miał jadący na szóstym miejscu Jorge Lorenzo, który miał uślizg przedniego koła i wypadł z toru, wycofując się tym samym z wyścigu.
Podczas gdy wyścig dobiegał końca, coraz wścieklejsze były ataki Nicky Haydena. "Kentucky Kid" w końcu dobrał się na jednym z zakrętów do skóry Dovizioso. Ten jednak nie zamierzał się poddać i już po chwili znowu był przed Amerykaninem. Piękna walka trwała jeszcze przez kilka zakrętów, ostatecznie Dovizioso utrzymał swoją pozycję.
Sześć okrążeń przed końcem wyścigu wydawało się, że nad torem może popadać deszcz. Nawet jeśli pojawiła się tylko lekka mżawka, sędziowie zezwolili motocyklistom w razie potrzeby skorzystać z motocykli przeznaczonych na mokry tor. Deszczu jednak nie było a do mety nic się nie zmieniło - Hayden musiał przełknąć gorycz porażki natomiast szczęśliwy Dovizioso po kilku czwartych miejscach wreszcie stanął na zasłużonym podium.
Zanosiło się na świetne GP dla Yamahy, a okazało się że poza Rossim to Hondy rozdawały karty. Drugi dojechał przecież Pedrosa, za nim Dovizioso i Hayden. Ale zaskoczeniem była również jazda drugiego motocyklisty zespołu JiR Honda – Shinyi Nakano. Japończyk pokazał że w rywalizacji z młodszymi zawodnikami wciąż nie stoi na straconej pozycji. Miejsca w MotoGP na przyszły sezon wciąż nie ma jednak pewnego.
Kolejność wyścigu o GP Malezji w kategorii MotoGP:
1. Rossi
2. Pedrosa
3. Dovizioso
4. Hayden
5. Nakano
6. Stoner
7. Capirossi
8. Edwards
9. Vermeulen
10. de Puniet
11. Hopkins
12. West
13. Guintoli
14. de Angelis
15. Elias
16. Melandri
17. Aoki
DNF Toseland
DNF Lorenzo
