Wzięliśmy pod uwagę spotkania Pucharu Polski oraz europejskich pucharów. Odrzuciliśmy rywalizację w Pucharze Ligi Polskiej ze względu na drugorzędny charakter tych rozgrywek dla Wisły na przestrzeni lat.
Pierwszą poważną wpadką Białej Gwiazdy było przedwczesne pożegnanie się z Pucharem Polski w sezonie 1998/1999, kiedy na drodze kroczącej w lidze od zwycięstwa do zwycięstwa drużynie Franciszka Smudy stanął w 1/8 finału krajowego pucharu RKS Radomsko (1:3). Poprawa humoru kibicom przyszła krakowianom stosunkowo łatwo - w kolejnym meczu pokonali na wyjeździe Pogoń Szczecin aż 4:0.
Dwa lata później wiślacy pożegnali się z Pucharem Polski już po 1/16 finału, a tym razem zatrzymał ich drugoligowy Górnik Łęczna (1:2). Niepowodzenie na Lubelszczyźnie krakowianie odbili sobie w ligowym starciu z GKS-em Katowice (3:1). W edycji 2003/2004 Wisła broniła trofeum, ale przygodę z pucharem zakończyła już w 2. rundzie, kiedy musiała uznać wyższość drugoligowej Arki Gdynia (0:2). Rehabilitacja przyszła w inauguracyjnym meczu ekstraklasy z Górnikiem Polkowice (2:0).
W tym samym sezonie Biała Gwiazda zanotowała pierwszą poważną wpadkę w pucharach europejskich - po dwóch bezbramkowych remisach przegrała w serii rzutów karnych z Valerengą Oslo w 2. rundzie Pucharu UEFA. Szansy na zmazanie plamy nie było - był to bowiem ostatni mecz Wisły w rundzie jesiennej i kolejny rozegrała dopiero cztery miesiące później. Rok później kibice 12-krotnych mistrzów Polski znów najedli się wstydu po odpadnięciu ekipy Henryka Kasperczaka z Dinamo Tbilisi w 1. rundzie Pucharu UEFA. W pierwszym spotkaniu po pożegnaniu się europejskimi rozgrywkami Wisła bezbramkowo zremisowała derby z Cracovią.
Jesienią 2005 roku wiślacy zanotowali pierwszą "wtopę" przed własną publicznością. W rewanżowym spotkaniu 1/8 finału Pucharu Polski z Zagłębiem Lubin przegrali 0:1 po golu Macieja Iwańskiego w 89. minucie gry. Bezbramkowy remis, który był tak blisko, promowałby do ćwierćfinału Białą Gwiazdą. W odpowiedzi krakowianie pokonali w lidze Górnik Łęczna 1:0.
Pierwszy raz rehabilitacja nie powiodła się w sezonie 2006/2007. Wisła przed własną publicznością przegrała w 1/8 finału Pucharu Polski 1:2 z Ruchem Chorzów, a kilka dni później również przy Reymonta 22 uległa GKS-owi Bełchatów 2:4. Także w sezonie 2009/2010 wiślakom nie udało się natychmiast zatrzeć złego wrażenia po odpadnięciu z Levadią Tallin w 2. eliminacji Ligi Mistrzów, przegrywając w rzutach karnych mecz o Superpuchar Polski z Lechem Poznań.
Kilka miesięcy temu po wyjazdowej porażce z Karabachem Agdam, która równała się odpadnięciu z eliminacji Ligi Europejskiej, Wisła wygrała 1:0 pierwszy ligowy mecz tego sezonu z Arką Gdynia.
