Zorganizowane w sierpniu 1945 roku koło Organizacji Młodzieży Towarzystwa Uniwersytetów Robotniczych utworzyło sekcję piłki nożnej. Baza sportowo-treningowa w Lubinie praktycznie nie istniała. Działania wojenne zniszczyły około 90 procent miasta, nie zachowały się żadne obiekty sportowe.
W marcu 1946 roku powstał w Lubinie Klub Sportowy "Zawisza", a pierwszym prezesem został Stanisław Śliwonik. Przez kolejne lata klub zmieniał nazwy i wreszcie 1966 roku przyjął nazwę "Zagłębie", która obowiązuje do dnia dzisiejszego.
Zagłębie w swojej historii dwukrotnie sięgało po mistrzostwo Polski (1991 i 2007 rok). Dochodziło również do finału Pucharu Polski, ale go nie wygrało. W 1990 sięgnęło po wicemistrzostwo, a w 2007 roku zdobyło Superpuchar Polski pokonując GKS Bełchatów 1:0.
