Na początku sezonu Sebastian Boenisch był pierwszym wyborem Samiego Hyypii na lewej stronie defensywy i w pierwszych 12 spotkaniach ligowych Bayeru Leverkusen nie opuścił ani minuty.
26-latek po raz ostatni pojawił się na placu gry 9 listopada, a podczas treningów w trakcie przerwy na mecze reprezentacji doznał kontuzji kolana. Uraz nie okazał się groźny, ale sztab szkoleniowy Aptekarzy przez kilka tygodni musiał radzić sobie bez polskiego zawodnika. Kiedy tuż przed końcem rundy jesiennej ten wreszcie był zdolny do gry, okazało się, że na jego pozycji świetnie radzi sobie Emre Can. W efekcie w spotkaniu z Werderem Brema Boenisch siedział na ławce rezerwowych.
Boczny obrońca na murawie pojawił się dopiero we wtorek, kiedy Bayer rywalizował w przedsezonowych meczach kontrolnych z SC Heerenveen. Boenisch wystąpił w drugim sparingu (pierwszy Niemcy wygrali 4:3) i rozegrał 60 minut, a jego zespół po golach Ryu Seung-Woo oraz Simona Rolfesa zwyciężył 2:0.
Boenischowi niełatwo będzie odzyskać miejsce w podstawowym składzie, ponieważ Can nadal radzi sobie na miarę oczekiwań, coraz pewniej w drużynie czuje się uzdolniony Kostas Stafylidis, a bardzo możliwe, że na BayArena w styczniu przybędzie kolejny lewy defensor. Wśród kandydatów wymieniani są Bastian Oczipka i Constant Djakpa z Eintrachtu oraz Patrick van Aanholt z Vitesse.
