Jego przygoda z piłką nożną rozpoczęła się w Warcie Poznań, skąd w 1991 r. przeniósł się do Legii Warszawa, gdzie w wieku zaledwie 20 lat stał się kluczowym zawodnikiem podstawowego składu. W ciągu pięciu lat w stołecznej ekipie zdobył dwa mistrzostwa Polski, dwa Puchary Polski oraz Superpuchar Polski. Jednym z największych osiągnięć Ratajczyka było dojście z Legią do ćwierćfinału Ligi Mistrzów w sezonie 1995/1996.