Jan Vertonghen występuje na pozycji obrońcy. Jest zawodnikiem Tottenhamu Hotspur. Swoją karierę zaczynał w VK Tielrode. W 2003 roku trafił do szkółki Ajaksu Amsterdam. W tym klubie występował do 2012 roku z małą przerwą na wypożyczenie do Waalwijk w sezonie 2006/2007. 12 lipca 2012 roku podpisał kontrakt z londyńskim Tottenhamem. W barwach narodowych zadebiutował 21 czerwca 2011 roku.