Sezon 2012/2013 Sebastian Kowalczyk spędził w Starcie Gdynia, w którym rozegrał 32 spotkania. W trzech meczach wyszedł w pierwszej piątce. Średnio na parkiecie spędzał około 20 minut, w ciągu których zdobywał 5 punktów oraz 3,1 asysty. Jako, że przyszłość klubu z Gdyni rysuje się w czarnych barwach, zawodnikiem zainteresowały się inne kluby. Jednym z nich jest rywal zza miedzy - Trefl Sopot, który w przyszłym sezonie nadal chce budować skład oparty na Polakach.
Sam zawodnik jak na razie o ofercie klubu z Sopotu słyszał jedynie z mediów, chociaż nie ukrywa, że bardzo chciałby w Trójmieście zostać. - Gdyby pojawiła się oferta z Trefla Sopot to z pewnością bym ją rozważył. Jak na razie nic w tej sprawie się nie dzieje. Zobaczymy, co czas pokaże - odpowiada Sebastian Kowalczyk.