John Thomas swoją karierę rozpoczynał jeszcze w poprzedniej dekadzie. Przez cztery lata grał on w lidze akademickiej, w zespole Minnesoty. W 1997 roku podpisał on kontrakt z Boston Celtics, zaś rok później trafił do Toronto Raptors. W 2000 roku musiał zrezygnować z marzeń o grze w najsilniejszej lidze świata. 34-latek był bowiem głębokim rezerwowym, a po zakończeniu rozgrywek, nie znalazł nowego pracodawcy.
Przez kolejne kilka sezonów występował w różnych ligach, poczynając od chińskiej, a skończywszy na hiszpańskiej ACB. Dobra dyspozycja na Półwyspie Iberyjskim sprawiła, że powrót Thomasa do NBA wcale nie był fikcją. W październiku 2004 zasilił on szeregi Minnesoty Timberwolves, ale jeszcze przed rozpoczęciem rozgrywek zrezygnowano z jego usług. Mierzący 205 cm wzrostu gracz powrócił do "Leśnych Wilków" w styczniu 2005. Później Thomas jeszcze ocierał się o wrota NBA, ale nie zyskał uznania w oczach trenerów tamtejszych ekip.
Miniony sezon rozpoczął on z zespołem, z ligi syryjskiej - Al Jalaa Aleppo. W marcu bieżącego roku zasilił jednak szeregi ukraińskiego Khimik Jużny. Dla tego teamu rozegrał dziewięć meczów, w których na swoje konto zapisywał 13,7 punktu, 7 zbiórek oraz 1,9 przechwytu.
34-letni zawodnik niedawno znalazł się na celowniku włodarzy PGE Turowa Zgorzelec. Wicemistrzowie Polski złożyli ofertę temu koszykarzowi, ale ten nie podpisał kontraktu z przygranicznym zespołem. Urodzony w Minneapolis gracz wybrał bowiem ofertę drużyny z ligi izraelskiej, Hapoelu Holon.