Na zakończenie sezonu Arka świętowała awans do I ligi, Jagiellonia jako beniaminek ukończyła rozgrywki na miejscu dziewiątym, zaś najskuteczniejszy napastnik Jagiellonii Jerzy Zawiślan z 13 bramkami został wicekrólem strzelców grupy północnej. Po zakończeniu sezonu Zawiślan był już zawodnikiem pierwszoligowej Arki.
Na kolejny mecz pomiędzy tymi zespołami kibice musieli czekać ponad ćwierć wieku - aż do sezonu 2001/2002, kiedy to oba zespoły po latach posuchy awansowały do II ligi. Zanim jednak doszło do pojedynku tych drużyn w rozgrywkach ligowych obie zmierzyły się przed sezonem w I rundzie Pucharu Ligi. Oba spotkania zakończyły się remisami (1:1 i 0:0), jednak o awansie do kolejnej rundy żółto-czerwonych zdecydował gol zdobyty na wyjeździe przez Zbigniewa Szugzdę.
W rozgrywkach ligowych lepsi okazali się gdynianie, którzy na własnym stadionie zwyciężyli 1:0, zaś w Białymstoku zremisowali 0:0. W drugim z tych spotkań w żółto-czerwonych barwach debiutował Dariusz Łatka, zaś w zespole gości - Łukasz Nawotczyński, który obecnie broni barw Jagi.
Kolejne cztery spotkania obu drużyn zakończyły się remisami. W sezonie 2003/04 w Gdyni padł bezbramkowy remis, zaś w Białymstoku było 2:2. W meczu tym po raz pierwszy w Białymstoku z chorągiewką na linii biegała kobieta - Katarzyna Nadolska.
W kolejnym sezonie wyniki te zostały powtórzone. W pierwszym meczu w Białymstoku padł remis 2:2. Prowadzenie dla Jagiellonii uzyskał w ostatniej minucie pierwszej połowy Przemysław Kulig. W 49. minucie z rzutu karnego do remisu doprowadził Krzysztof Piskuła. Odpowiedź Jagi była natychmiastowa i dwie minuty później było już 2:1, a zdobywcą bramki został Tomasz Pawlak. Gdy w 82. minucie za drugą żółtą, a w efekcie czerwoną kartkę boisko opuścił Piskuła, wydawało się, że nic nie zabierze Jadze zwycięstwa. Jednak już w doliczonym czasie gry ambitnie walczący gdynianie doprowadzili do wyrównania po celnej główce Bartosza Ławy. Mecz rewanżowy w Gdyni (0:0) rozgrywany był w scenerii piłkarskiego pikniku, gdyż już wcześniej gdynianie zapewnili sobie awans do ekstraklasy i w tym meczu fetowali powrót do elity.
W czerwcu 2006 roku obie drużyny spotkały się w meczu barażowym. Dwukrotnie górą w tych spotkaniach była Arka Gdynia, która w Białymstoku wygrała 2:0, natomiast w Gdyni 2:1. Po tych zwycięstwach gdynianie zapewnili sobie utrzymanie w ekstraklasie, a Jaga rozpoczęła kolejny sezon w drugiej lidze.
Baraże o I ligę:
15 czerwca 2006r.
Jagiellonia Białystok - Arka Gdynia 0:2 (0:1)
0:1 - Pilch 29`
0:2 - A. Kubik (sam.) 90`
Jagiellonia Białystok: M. Zając - Nawotczyński, Kolasa, Markiewicz, A. Kubik - Sobociński, Chańko, Trzeciakiewicz, Łatka (76. Żuberek) - T. Moskal (72. Kobeszko), Konon.
Arka Gdynia: Witkowski - Kościelniak, Jawny, Sobieraj, Jakosz - Nawrocik, Ulanowski, Parzy (90. Pudysiak), Moskalewicz, R. Wróblewski - Pilch (79. Griszczenko).
Żółte kartki: R. Wróblewski, Pilch, Kościelniak, Nawrocik (Arka).
Sędzia: Krzysztof Słupik (Tarnów).
Widzów: 7.500 (gości: 260).
18 czerwca 2006r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 2:1 (2:0)
1:0 - Moskalewicz 1`
2:0 - Niciński 3`
2:1 - Chańko (k.) 76`
Arka Gdynia: Witkowski - Kościelniak, Jawny, Sobieraj, Jakosz - Ława (69. Hryszczenko), Ulanowski, Moskalewicz, R. Wróblewski (90. Gorząd) - Nawrocik (46. Parzy), Niciński.
Jagiellonia Białystok: M. Zając - Nawotczyński, Markiewicz, Chańko - Łatka, Trzeciakiewicz (71. Sobociński), Zalewski, P. Sobolewski - Kobeszko, Konon, T. Moskal (72. Żuberek).
Żółta kartka: P. Sobolewski (Jagiellonia).
Sędzia: Grzegorz Gilewski (Radom).
Widzów: 8.000 (gosci: 250).
Arka utrzymała się w ekstraklasie.
II liga
27 września 1975r.
Jagiellonia Białystok - Arka Gdynia 1:1 (0:0)
1:0 - Zawiślan 65`
1:1 - Pietrzykowski 80`
Jagiellonia Białystok: Sikorski - Stankiewicz, Łapicz, Szwejkowski, Drumski - Skoczylas (65. Gościłowicz), Karalus, Pietrzyk, Żukowski - Sieliwonik, Zawiślan.
Arka Gdynia: Żemojtel - Bochentyn, Kliński, Biliński, Pietrzykowski - J. Kupcewicz, Dybicz, Wiśniewski - Szybalski, Tandecki, Kwiatkowski.
Sędzia: Boniecki (Warszawa).
Widzów: 4.000.
11 kwietnia 1976r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 2:0 (1:0)
1:0 - Tandecki 8`
2:0 - Kiliński (k.) 69`
Arka Gdynia: Żemojtel, Wiśniewski, Kliński, Bieliński, Pietrzykowski, Dybicz, Mikulski, J. Kupcewicz, Z. Kupcewicz, Tandecki, Kwiatkowski.
Jagiellonia Białystok: Sikorski, Stankiewicz, Łapicz, Gościłowicz, Szwejkowski, Cieślik, Laskowski, Pietrzyk, Sieliwonik (46. Karalus), Zawiślan, Drumski.
Żółte kartki: Gościłowicz, Szwejkowski (Jagiellonia).
Sędzia: Ryszard Sobiecki (Warszawa).
Widzów: 15.000.
18 sierpnia 2001r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 1:0 (1:0)
1:0 - Kobus (k.) 1`
Arka Gdynia: Wosicki - Radoń, Fornalak (70. Merchut), Witt, Kowalski, Ulanowski, Lewna (58. Brede), Kalkowski (67. Laskowski), Murawski, Kobus, Smarzyński.
Jagiellonia Białystok: Dilys - Sorokinas, Biedrzycki, D.Prokop (72. Papiernik), Łągiewka, Bańkowski, (46. Saulenas), Zalewski (46. Maciejczuk), Dzienis, Z.Szugzda, Żuberek, Jakóbczak.
Żółte kartki: Kobus (Arka) oraz Bańkowski, Maciejczuk (Jagiellonia).
Sędzia: Zbigniew Lisiecki (Poznań).
Widzów: 4.500 (gości: 42).
3 marca 2002r.
Jagiellonia Białystok - Arka Gdynia 0:0
Jagiellonia Białystok: Dymek - Rzeczycki, Kulig (46. Czykier), Smoliński - Zalewski - Chrobot, Łatka, Danielewicz, Żuberek - Grad (60.Szarnecki), Kobeszko (68. Ostrowski).
Arka Gdynia: Szyszko - Nawotczyński, Fornalak, Stencel, Wódkiewicz - Smarzyński, Radoń, Ulanowski, R.Wilk - Bajera (73. Rusinek), Kułyk (90. Kołaczyk).
Żółte kartki: Łatka (Jagiellonia) oraz Nawotczyński, Fornalak (Arka).
Sędzia: Mariusz Górski (Łódź).
Widzów: 3.500.
13 sierpnia 2003r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 0:0
Arka Gdynia: Wyłupski - Kowalski, Siara, M. Woroniecki, Serocki - Ulanowski, Pudysiak (46. Smarzyński), Toborek (57. R. Murawski), Stasiuk - Kułyk (46. Podstawek), Kukulski.
Jagiellonia Białystok: Olszewski - Kulig, Kośmicki, Zalewski, Tupalski - Dzienis, Łatka, Speichler (64. Żuberek), Chańko (76. P.Sobolewski) - Danielewicz, Kobeszko (70. Reginis).
Żółte kartki: Kowalski, Serocki, Toborek (Arka) oraz Tupalski, Łatka, Żuberek (Jagiellonia).
Sędzia: Marcin Pracz (Szczecin).
Widzów: 2.500 (gości: 64).
20 marca 2004r.
Jagiellonia Białystok - Arka Gdynia 2:2 (1:1)
0:1 - Dymkowski 17`
1:1 - Kulig 44`
2:1 - Reginis 56`
2:2 - Kozłowski 89`
Jagiellonia Białystok: Załuska - Kulig, Kośmicki, Wołczyk, Warakomski - Dzienis, Speichler, Danielewicz, Żuberek (76. Strzeliński) - Reginis (78. Tyczkowski), Kobeszko.
Arka Gdynia: Wyłupski - Siara, Bednarz, Woroniecki, Jeziorski - Pudysiak, R.Murawski, Bartoszewicz (67. Stencel), Ulanowski (71. Kozłowski) - Gregorek (67. Aleksander), Dymkowski.
Żółte kartki: Danielewicz (Jagiellonia) oraz Pudysiak, Murawski, Bartoszewicz (Arka).
Sędzia: Janusz Oparcik (Radom).
Widzów: 6.000 (gości: 84).
13 listopada 2004r.
Jagiellonia Białystok - Arka Gdynia 2:2 (1:0)
1:0 - Kulig 45`
1:1 - Piskuła (k.) 49`
2:1 - Pawlak 52`
2:2 - Ława 90+3`
Jagiellonia Białystok: Załuska - Kulig, Napierała, Kolasa, Zalewski - Łatka, Speichler, Markiewicz, Sobolewski - Pawlak (85. Dzienis), Konon (74. Żuberek).
Arka Gdynia: Chamera - Wojnecki, Woroniecki, Sobieraj, Kowalski - Pudysiak, Murawski, Piskuła, Griszczenko - Pilch (90. Chrzanowski), Ława.
Żółte kartki: Speichler, Pawlak, Żuberek (Jagiellonia) oraz Piskuła, Ława (Arka).
Czerwona kartka: Krzysztof Piskuła - 82` za drugą żółtą (Arka).
Sędzia: Artur Radziszewski (Warszawa).
Widzów: 6.000 (gości: 350).
11 czerwca 2005r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 0:0
Arka Gdynia: Chamera - Ł.Kowalski, Jawny, Majda, Pudysiak (70. Jelonkowski), Piskuła, Sobieraj, Hryszczenko, Bartoszewicz - Patalan (82. Ława), Pilch.
Jagiellonia Białystok: Olszewski - Kulig, Nawotczyński, Kolasa, Chańko - Konon (70. Świerzbiński), Speichler, Zalewski, P.Sobolewski - Pawlak (90. Matys), Żuberek (60. Kobeszko).
Żółta kartka: Pudysiak (Arka).
Sędzia: Jacek Granat (Warszawa).
Widzów: 10.000 (gości: 0).
Puchar Ligi
I runda
15 lipca 2001r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 1:1 (1:0)
1:0 - Rybkiewicz 36`
1:1 - Z. Szugzda 82`
Arka Gdynia: Zagórski - Merchut, Kowalski, Witt, Radoń - Lewna (58. Ulanowski), R. Murawski, Stencel, Hartmann - Rybkiewicz (58. Godlewski), Kobus (58. Laskowski).
Jagiellonia Białystok: Dymek - Kulig, Maciejczuk, Sorokinas, Tupalski (46. Zalewski) - Dzienis, A. Dąbrowski (81. Marcinkiewicz), Z. Szugzda - Saulenas (75. Waluk), Jakóbczak, Dienisienia.
Żółta kartka: Stencel (Arka).
Sędzia: Marcin Pracz (Szczecin).
Widzów: 2.500.
19 lipca 2001r.
Jagiellonia Białystok - Arka Gdynia 0:0
Jagiellonia Białystok: Dilys - Kulig, A.Dąbrowski, Maciejczuk, Tupalski - Dzienis (87. Wołczyk), Sorokinas (46. Zalewski), Bilke - Z. Szugzda, Dienisienia (74. Waluk), Jakóbczak.
Arka Gdynia: Wosicki - Radoń (7. Rybkiewicz), Witt, Kowalski, Fornalak - Hartmann (66. Laskowski), Ulanowski, Stencel, Merchut - Kalkowski, Kobus (74. R. Murawski).
Żółte kartki: Tupalski (Jagiellonia) oraz R. Murawski (Arka).
Sędzia: Mariusz Górski (Łódź).
Widzów: 8.000.
Awans: Jagiellonia Białystok.
Ogółem rozegrano 12 spotkań, z czego:
Zwycięstwa Jagiellonii: 0.
Remisy: 8.
Zwycięstwa Arki: 4.
Stosunek bramek: 13:7 dla Arki.
