Holger Badstuber w rozegranym 1 grudnia 2012 roku pojedynku z Borussią Dortmund zerwał więzadła krzyżowe i musiał poddać się kilku operacjom. Zawodnikowi groziło nawet zakończenie kariery, ale ostatecznie 25-latek po żmudnej rehabilitacji zdołał odzyskać pełną sprawność.
W sobotę Badstuber po raz pierwszy od blisko pół roku odbył zajęcia z drużyną! Ćwiczył z Danielem van Buytenem, Rafinhą i Diego Contento, który również nie udali się na ligowy pojedynek z Eintrachtem Brunszwik.
W bieżącym sezonie Pep Guardiola nie ma już w planach stawiania na rekonwalescenta. Badstuber niemal na pewno nie uda się również na mundial. Joachim Loew nie zamierza ryzykować jego zdrowia, zwłaszcza że w dobrej formie znajdują się trzej stoperzy: Per Mertesacker, Jerome Boateng i Mats Hummels.
Badstuber ma w dorobku 101 meczów w Bundeslidze i 31 w Lidze Mistrzów. Zanim doznał kontuzji, był podstawowym piłkarzem Bayernu i pełnił rolę środkowego obrońcy, grając u boku Dantego.