Małkowski występował już przy Sportowej w latach 2009-2011. Rozegrał wówczas dla bełchatowian 56 spotkań, w których zdobył sześć bramek. Później bronił barw Zagłębia Lubin i Górnika Zabrze. Jego dorobek w T-ME to 154 występy i 15 bramek, ale jesienią w Zabrzu zaliczył tylko jedno spotkanie.
[ad=rectangle]
30-latek zasilił GKS na zasadzie wolnego transferu po tym, jak pod koniec listopada jego kontrakt z Górnikiem został rozwiązany z winy klubu.
Jest drugim zimowym nabytkiem Brunatnych po Sewerynie Michalskim, dla którego to też powrót do Bełchatowa. 21-latek jest wychowankiem GKS-u, który opuścił latem 2013 roku na rzecz belgijskiego KV Mechelen.
