Współpraca pani doktor z "The Special One" popsuła się z powodu sytuacji, która miała miejsce w końcówce sierpniowego meczu ze Swansea City (2:2).
Eva Carneiro udzieliła wówczas pomocy Edenowi Hazardowi. Menedżer uważał, że Belgowi nic groźnego się nie stało i ta interwencja była zbędna. Londyńczycy walczyli wtedy o zwycięskiego gola (a byli już osłabieni brakiem Thibauta Courtoisa, który otrzymał czerwoną kartkę), stąd duża irytacja Jose Mourinho.
Po spotkaniu Portugalczyk skrytykował sztab medyczny, a lekarka została odsunięta od zespołu i mogła mu pomagać tylko na treningach. Ponadto nie wolno jej było przebywać z piłkarzami podczas meczów, a także w hotelu na zgrupowaniach. Teraz już wiadomo, że sytuacja nie wróci do normy.
Carneiro pracowała na Stamford Bridge od 2009 roku. Dwa lata później - za kadencji Andre Villasa-Boasa - została włączona do sztabu pierwszej drużyny, a później kontynuowała obowiązki, gdy menedżerami The Blues byli Roberto Di Matteo, Rafael Benitez i ostatnio Mourinho.