Bekim Balaj występuje na pozycji napastnika. Jest wychowankiem Vllaznia Szkodra. W 2010 roku przeszedł do tureckiego Genclerbirligi SK, ale tam nie zdołał przekonać do siebie sztabu szkoleniowego i już po pół roku odszedł do FK Tirana. Po udanym sezonie 2011/2012 trafił do Sparty Praga. Po kilkunastu meczach został przesunięty do rezerw, co wykorzystała Jagiellonia Białystok. Albańczyk w Ekstraklasie zdobył siedem bramek w 31 meczach. Po jednym sezonie postanowił wrócić do Czech, ale tym razem do Slavii Praga. Po jednej rundzie związał się z HNK Rijeka. Od połowy 2016 roku jest zawodnikiem Tereka Grozny.