Fabian Frei jest środkowym pomocnikiem. Pierwsze piłkarskie kroki stawiał w FC Winterthur, a potem przeniósł się do młodzieżowych drużyn FC Basel. Właśnie w tym klubie w 2007 roku zadebiutował w seniorskiej piłce. Dwa lata później został wypożyczony na dwa sezony do St. Galen. Po powrocie do Bazylei znów był ważną częścią zespołu. W 2015 roku odszedł do 1. FSV Mainz 05. W październiku 2011 zadebiutował w pierwszej reprezentacji Szwajcarii.