Fabian Schaer występuje na pozycji środkowego obrońcy. Jest wychowankiem szwajcarskiego klubu FC Wil. W lipcu 2012 roku przeszedł do FC Basel. Występował w nim przez trzy sezony, a potem za cztery miliony euro został kupiony przez 1899 Hoffenheim. Schaer w sierpniu 2013 roku zadebiutował w pierwszej reprezentacji Szwajcarii.