Rozpoczął swoją piłkarską karierę jako pomocnik. W Bundeslidze rozegrał 144 mecze, zdobywając sześć bramek. Jego największe sukcesy jako zawodnika związane są z Bayernem Monachium, gdzie zdobył pięć tytułów mistrza Niemiec. Po zakończeniu kariery piłkarskiej w 2000 roku, Flick skupił się na pracy trenerskiej. Jako szkoleniowiec, Flick zyskał sławę dzięki pracy w Bayernie Monachium, gdzie w sezonie 2019/2020 zdobył Ligę Mistrzów UEFA. Pod jego wodzą bawarski klub zdobył sekstet (sześć tytułów), co uczyniło go jedynym niemieckim trenerem z takim osiągnięciem. Po sukcesach w Bayernie, Flick objął stanowisko selekcjonera reprezentacji Niemiec w lipcu 2021 roku. Jego kadencja zakończyła się we wrześniu 2023 roku. W maju 2024 roku Flick został trenerem FC Barcelony.