Jakob Jantscher występuje na pozycji lewego obrońcy. Jest zawodnikiem FC Luzern. Karierę rozpoczynał w Sturmie Graz. Po trzech sezonach spędzonych w pierwszej drużynie odszedł za milion euro do Red Bull Salzburg. W klubie tym spędził dwa lata. Najpierw odszedł na wypożyczenie do Dynama Moskwa, a potem definitywnie do NEC Nijmegen. W końcu w lipcu 2014 wyjechał do Szwajcarii, gdzie wciąż gra. Jantscher jest również reprezentantem Austrii. W barwach narodowych debiutował w czerwcu 2009 roku.