Jakub Moder swoją piłkarską przygodę rozpoczął w juniorskich zespołach Warty Poznań, a następnie przeniósł się do Lecha Poznań. To właśnie w barwach "Kolejorza" zadebiutował w Ekstraklasie. W sezonie 2018/2019 Moder został wypożyczony do Odry Opole. Po roku wrócił do Lecha Poznań, zdobywając z zespołem srebrny medal mistrzostw Polski. Październik 2020 roku przyniósł przełom w karierze Modera. Podpisał pięcioletni kontrakt z Brighton & Hove Albion, co było rekordowym transferem w historii Ekstraklasy. Choć początkowo został wypożyczony z powrotem do Lecha, szybko dołączył do angielskiego klubu, gdzie zadebiutował w lutym 2021 roku. W styczniu 2025 roku Moder podpisał kontrakt z Feyenoordem Rotterdam. Kwota transferu wyniosła 1,5 miliona euro. Jakub Moder jest również ważnym ogniwem reprezentacji Polski. Zadebiutował w seniorskiej kadrze we wrześniu 2020 roku, a jego pierwsza bramka padła w meczu z Ukrainą. Moder uczestniczył w Mistrzostwach Europy 2020 i 2024.