Jan Novota występuje na pozycji bramkarza. Karierę rozpoczynał na Słowacji. Reprezentował barwy OFC Matuskovo, Slovana Galanta, Koba Senec, VTJ Sturovo, FC Senec, a także Dunajska Streda. W 2010 roku przeniósł się do Grecji, gdzie związał się z Panserraikosem. Spędził tam jednak tylko pół roku i wrócił do Dunajskiej. W lipcu 20011 roku odszedł do Rapidu Wiedeń i do dziś występuje w tym klubie. Zdołał wywalczyć miejsce w bramce i prezentował się na tyle dobrze, że w maju 2014 roku zadebiutował w reprezentacji Słowacji.