Juanfran występuje na pozycji obrońcy. Jest zawodnikiem Atletico Madryt. Jest wychowankiem Realu Madryt. W pierwszym zespole zadebiutował 24 stycznia 2004 roku. Było wypożyczony do Espanyolu Barcelona. 1 lipca 2006 roku podpisał kontrakt z CA Osasuna, skąd zimą 2011 roku trafił do Atletico Madryt, gdzie występuje obecnie. W barwach narodowych zadebiutował 26 maja 2012 roku. W kwalifikacjach do Euro 2016 rozegrał 7 meczów. Wartość rynkowa tego piłkarza szacowana jest na około 16 milionów euro.