Jego piłkarska kariera rozpoczęła się w niższych ligach niemieckich, ale poważna kontuzja zmusiła go do zakończenia gry. Po zakończeniu kariery piłkarskiej Runjaić nie zrezygnował z futbolu. Rozpoczął pracę jako trener, z czasem wchodząc na wysoki poziom. W 2017 r. objął Pogoń Szczecin, a następnie trenował Legię Warszawa - z nią zdobył Puchar Polski i Superpuchar, a także awansował do fazy grupowej Ligi Konferencji UEFA. Po zakończeniu pracy w Legii, Runjaić został trenerem włoskiego Udinese Calcio.