Mergim Mavraj występuje na pozycji obrońcy. Jest zawodnikiem FC Koeln. Swoją karierę zaczynał w SV Darmstadt 98, skąd w 2007 roku przeniósł się do VfL Bochum. W 2011 roku podpisał kontrakt z Greuther Furth, a od 2014 roku związany jest z FC Koeln. Posiada dwa obywatelstwa: albańskie i niemieckie. W barwach narodowych zadebiutował 22 maja 2012 roku. Wartość rynkowa tego piłkarza jest szacowana na około 1,75 miliona euro.