Mikel San Jose występuje na pozycji obrońcy. Jest zawodnikiem Athletic Bilbao, w którym zaczynał swoją piłkarską karierę. W 2007 roku podpisał umowę z Liverpoolem, skąd został wypożyczony do Athleticu. Po zakończeniu wypożyczenia w 2010 roku związał się kontraktem właśnie z baskijskim klubem. W barwach narodowych zadebiutował 4 września 2014 roku. Wartość rynkowa tego piłkarza szacowana jest na około 10 milionów euro.