Naser Aliji występuje na pozycji obrońcy. Jest zawodnikiem FC Kaiserslautern. Swoją karierę zaczynał w barwach FC Baden. W 2008 roku trafił do akademii FC Basel i tam debiutował jako senior. W 2015 roku był wypożyczony do FC Vaduz. Po zakończeniu wypożyczenia wytransferowano go do FC Kaiserslauter. W barwach narodowych zadebiutował 13 czerwca 2015 roku. Wartość tego piłkarza jest szacowana na około 700 tysięcy euro.