Peter Pekarik występuje na pozycji prawego obrońcy. Jest wychowankiem MFK Dubnica. W 2005 roku przeniósł się do MSK Żylina. 3,5 roku później za niespełna milion euro został kupiony przez Vfl Wolfsburg. Po ponad dwóch sezonach został wypożyczony do tureckiego Kayserisporu, a potem sprzedany do Herthy Berlin, której barwy reprezentuje od 2012 roku aż do dnia dzisiejszego. Jest również pewnym punktem defensywy Słowacji. W reprezentacji swojego kraju debiutował w grudniu 2006 roku.