Roman Hubnik występuje na pozycji obrońcy. Jest zawodnikiem Viktorii Pilzno. Swoją karierę zaczynał w Tescoma Zlin. W 2002 roku przeniósł się do Sigmy Ołomuniec. W tym klubie rozegrał 102 mecze i podpisał kontrakt z FK Moskwa. Był wypożyczany do Sparty Praga i Herthy Berlin. W 2010 roku został pełnoprawnym piłkarzem herthy. W 2013 roku podpisał kontrakt z Viktorią Pilzno. W barwach narodowych zadebiutował 5 czerwca 2009 roku. Wartość rynkowa tego piłkarza jest szacowana na około 400 tysięcy euro.