Sebastian Boenisch występuje na pozycji lewego obrońcy. Urodził się w Gliwicach, ale przez prawie całe swoje życie mieszkał w Niemczech. Posiada obywatelstwo polskie oraz niemieckie. Seniorską karierę rozpoczął w Schalke 04 Gelsenkirchen. W 2007 roku został kupiony przez Werder Brema, gdzie grał przez pięć lat. Kolejnym klubem, którego barwy reprezentował był Bayer Leverkusen. Obecnie występuje w TSV 1860 Monachium. Sebastian Boenisch był młodzieżowym reprezentantem Niemiec, ale jako senior grał dla Polski.