Tomas Koubek występuje na pozycji bramkarza. Jest zawodnikiem Sparty Praga. Sezon 2015/2016 spędził w Slovanie Liberec, gdzie był wypożyczony ze Sparty Praga. Swoją karierę zaczynał w FC Hradec Kralove. W 2015 roku podpisał kontrakt ze Spartą Praga. W barwach narodowych zadebiutował 24 marca 2016 roku. Wartość rynkowa tego piłkarza szacowana jest na około milion euro.