Zlatko Junuzović występuje na pozycji ofensywnego pomocnika. Jest wychowankiem klubu Grazer AK. W klubie tym rozegrał 79 spotkań po czym w 2007 roku przeszedł do Austrii Karyntia. Dwa lata później podpisał umowę z Austrią Wiedeń. Występował w niej przez 2,5 roku po czym został wykupiony przez Werder Brema. Januzović w barwach narodowych po raz pierwszy zagrał w 2006 roku.