Kowalczuk swoją karierę rozpoczynał w AZS-ie Koszalin w 1996 roku. W latach 1998-2000 występował w trykocie Trefla Sopot. Następne dwa sezony spędził w lidze akademickiej NCAA, w ekipie St. Francis.
Po powrocie do Polski, ponownie związał się umową z "Akademikami". Rozgrywki 2004/05 były najlepsze w jego dotychczasowej karierze. 29-letni koszykarz notował wówczas 9,5 punktu, 6,6 zbiórki oraz 1,1 przechwytu na mecz.
W 2006 roku zmienił barwy klubowe. Parafował on bowiem kontrakt z Polpakiem Świecie. Po słabym sezonie przeniósł się na parkiety pierwszoligowe, do drużyny Zastalu Zielona Góra. W ubiegłym roku powrócił do PLK. Kowalczuk trafił do drużyny prowadzonej przez Mariusza Karola, Polpharmy Starogard Gdański. Mierzący 207 cm wzrostu gracz rozegrał 31 meczów dla tego teamu, w których średnio na swoje konto zapisywał 4,7 punktu, 3,8 zbiórki.
