Tuż za podium uplasował się Casey Stoner, zwycięzca pierwszego wyścigu sezonu w Katarze. Widać było, że zawodnicy mieli tylko 1 sesję treningową aby dostosować motocykle do toru.
Z pierwszego pola startował Rossi i wykonał dobry start, natomiast Stoner spadł aż na siódme miejsce. Wydawało się że Włoch będzie cały czas oddalać się od reszty stawki, jednak wtedy do głosu doszedł Jorge Lorenzo. Najpierw po kiepskim starcie uporał się z zawodnikami Hondy, a potem rozpoczął pogoń na Rossim, który najwyraźniej miał nienajlepsze tempo wyścigowe.
Lorenzo długo polował na objęcie prowadzenia – udało mu się na okrążeniu 9. Przez pewien czas obie Yamahy oddalały się od innych, jednak potem The Doctor jechał coraz wolniej. Dani Pedrosa zaczął go doganiać.
Kiedy do końca pozostało 8. kółek, Hiszpan "zanurkował" pod Rossiego i wyprzedził Włocha. Ten jednak nie miał zamiaru się poddawać i odpłacił Pedrosie podobnym manewrem okrążenie później. Lorenzo w międzyczasie powiększał przewagę i odniósł swoje drugie zwycięstwo w karierze, po GP Portugalii w zeszłym sezonie. W konsekwencji objął prowadzenie w mistrzostwach świata.
Casey Stoner miał problemy aby nadążyć za liderami. Długo jechał na piątym miejscu, dopiero w końcówce znalazł sposób na Andreę Dovizioso. Fantastycznie spisał się za to Marco Melandri na motocyklu Kawasaki zespołu Hayate - Włoch dojechał na szóstym miejscu pokonując w walce Lorisa Capirossi, którego Suzuki w tempie wyścigowym ponownie nie należało do najszybszych.
Kolejnym zaskoczeniem na plus była postawia debiutanta - Miki Kallio. Fin po upadku w piątek startował z końca stawki, ale przebił się aż na ósme miejsce.
Po małej ilości przejechanych kilometrów w ten weekend, niektórzy zawodnicy mieli ogromne problemy z dobraniem ustawień opon na wyścig. Tak właśnie stało się z Chrisem Vermeulenem oraz Colinem Edwardsem. Obaj po starcie spadli w dół stawki.
Już na starcie zderzyli się Yuki Takahashi oraz Nicky Hayden. Obaj odpadli z wyścigu. Upadli także Toni Elias oraz Sete Gibernau, ten pierwszy jednak dołączył do wyścigu na ostatnim miejscu.
Wyniki wyścigu o GP Japonii:
1. Jorge Lorenzo (Yamaha) 43m47.238s
2. Valentino Rossi (Yamaha) + 1.304s
3. Dani Pedrosa (Honda) + 3.763s
4. Casey Stoner (Ducati) + 5.691s
5. Andrea Dovizioso (Honda) + 9.207s
6. Marco Melandri (Hayate Kawasaki) + 30.555s
7. Loris Capirossi (Suzuki) + 32.756s
8. Mika Kallio (Pramac Ducati) + 39.416s
9. James Toseland (Tech 3 Yamaha) + 43.106s
10. Chris Vermeulen (Suzuki) + 43.245s
11. Randy de Puniet (LCR Honda) + 44.834s
12. Colin Edwards (Tech 3 Yamaha) + 46.540s
13. Alex de Angelis (Gresini Honda) + 53.525s
14. Niccolo Canepa (Pramac Ducati) +1m21.804s
15. Toni Elias (Gresini Honda) + 1 okr.
Nie ukończyli:
Sete Gibernau (Hernando Ducati) 13okr.
Nicky Hayden (Ducati) 0
Yuki Takahashi (Scot Honda) 0
