Stoner ma kłopoty zdrowotne od czasu GP Katalonii, gdzie uskarżał się na bóle brzucha i wymioty. Zajął tam trzecie miejsce. Jego stan nie poprawiał się w czasie trzech kolejnych rund grand prix, na Assen, Laguna Seca i Sachsenringu. Australijczyk cały czas był w stanie jednak zajmować miejsca w czołówce.
Po każdym wyścigu był bardzo wyczerpany a po GP Niemiec powiedział dziennikarzom, że nie zgadza się z informacjami głoszonymi przez Ducati, że doskwierają mu tylko problemy żołądkowe i anemia.
- To nie jest ten problem. Nie jestem anemikiem. Coś jest nie tak ale nie wiem co, podobnie jak lekarze - powiedział zawodnik.
Ostatni wyścig był dla Ducati katastrofą - na Donington Park na przesychający tor para Ducati założyła opony deszczowe. Stoner i Nicky Hayden zajęli miejsca na końcu stawki. Jednak jak potem powiedział Stoner, decyzja ta miała swoje uzasadnienie w stanie zdrowia i kondycji: - Wyjechałem na deszczówkach bo wiedziałem że nie będę konkurencyjny na całym dystansie na oponach na suchy tor.
Po powrocie do Australii na przerwę wakacyjną, Stoner udał się do znanego lekarza, Neila Haplina, który pochodzi z regionu Stonera (Hunter Valley, Nowa Południowa Walia). Pogłoski mówią, że Australijczyk może cierpieć na Syndrom Przewlekłego Zmęczenia. Sam zawodnik mówił o tym w trakcie GP USA: - Rozmawiałem z wieloma lekarzami i opisywałem symptomy, Niektórzy mówili że może to być właśnie SPZ, inni że to nie może być to.
Włoska prasa ogłosiła w poniedziałek, że Ducati przygotowuje właśnie oświadczenie, w którym przekaże informację o absencji zawodnika w aż trzech kolejnych rundach MotoGP! Są to GP Czech, Indianapolis i GP San Marino.
