Jan Keizer rozpoczął swoją karierę w 1965 roku, kiedy to po raz pierwszy stanął na boisku jako sędzia. Już w 1972 roku uzyskał uprawnienia międzynarodowe, co otworzyło mu drzwi do największych imprez piłkarskich.
W trakcie swojej kariery prowadził mecze na Euro 1984 oraz MŚ 1986 Był również arbitrem finału turnieju olimpijskiego w Los Angeles w 1984 roku, w którym Francja pokonała Brazylię 2:0.
"KNVB ze smutkiem przyjęła wiadomość o śmierci byłego czołowego sędziego. Wszystkim bliskim życzymy sił po tej stracie" - napisano w komunikacie opublikowanym w serwisie X przez holenderską federację.
Po zakończeniu kariery sędziowskiej w 1989 roku Jan Keizer nadal pozostawał związany z piłką nożną. W ostatnich latach swojego życia zmagał się z demencją.
Często uczestniczył w szkoleniach i seminariach, gdzie dzielił się swoją wiedzą i doświadczeniem z młodszymi kolegami po fachu. Jego zaangażowanie w rozwój sędziowania oraz pasja do futbolu uczyniły go autorytetem w holenderskim środowisku sportowym.