Wciąż młodego, choć już od kilku sezonów obecnego w ekstraklasie zawodnika, nie przestaje omijać pech. Dopiero w tym sezonie zaczął regularnie grać po wyleczeniu ciężkiej kontuzji, która kosztowała go 18 miesięcy rozbratu z piłką. W tym czasie próbował kilkukrotnie wrócić do treningów z pełnym obciążeniem. Niestety zawsze z tym samym skutkiem.
Poprzedni uraz miał swój początek pod koniec 2006 roku w meczu z Wisłą Płock. Sebastian Szałachowski wszedł na boisku w przerwie, a już kilka minut później opuszczał boisko z grymasem bólu. Wstępnie przypuszczano, że to lekki uraz. Po dokładniejszych badaniach okazało się jednak, że to cięższa kontuzja, a zawodnik nie mógł pojechać na mecz z Zjednoczonymi Emiratami Arabskimi, na który został powołany. Tak stracił szansę na pokazanie się w reprezentacji.
Przygotowania do rundy wiosennej sezonu 2006/2007 zaczął razem z całą drużyną. Kilka dni później delegacja piłkarzy Legii wzięła udział w turnieju Wielkiej Orkiestry Świątecznej Pomocy, na którym "Szałach" został kopnięty w piszczel. Jednak i tym razem udał się z warszawską drużyną na kolejny obóz przygotowawczy. Na jednym z treningów doznał stłuczenia kości piszczelowej i po powrocie do Warszawy nie brał już udziału w treningach oraz nie wyjechał na następne zgrupowanie na Cypr.
Zawodnik w tym czasie walczył z kontuzją w Polsce. Przeszedł szereg badań. Pierwsze opinie były optymistyczne. - Wydaje się, że to wina przeciążeń. Najbliższe badania wykażą czy Sebastian będzie musiał poddać się zabiegowi - mówił wówczas lekarz Legii Stanisław Machowski. Sam piłkarz dodawał. - Kość jest lekko uszkodzona, ale to wynik przeciążeń i powinienem wrócić do treningów miesiąc po zabiegu - powiedział Legionista. I tak też się stało, ale Szałachowski nie ćwiczył z pełnym obciążeniem, a jedynie truchtał wokół boiska. Po około dwóch tygodniach takich ćwiczeń ponownie przerwał treningi, gdyż ból się nasilał. Zdecydowano o wysłaniu go na konsultację do jednej z austriackich klinik - jednej z najlepszych w leczeniu tego typu urazów.
W Austrii poddał się operacji, po której nie zagrał już do końca sezonu. Pierwsze badania przed przygotowaniami do nowych rozgrywek wykazały, że może już ćwiczyć z drużyną. Wyjechał nawet na pierwszy obóz, ale tam również ćwiczył jedynie indywidualnie. Później jeszcze kilkukrotnie wyjeżdżał do Austrii na konsultacje. Badania nic nie wykazywały, a zawodnik wciąż narzekał na ból w nodze. Podczas jednej z kolejnych konsultacji wykryto zapalenie w nodze Szałachowskiego. Zawodnik wciąż nie trenował z drużyną i pojawiły się pierwsze głosy o przedwczesnym zakończeniu kariery. - Nie wyobrażam sobie, abym mógł zakończyć teraz karierę, mam dopiero 23 lata i jestem przekonany, że w końcu się wyleczę. Ale nie będę ryzykował do póki się całkowicie nie wyleczę - mówił, jak zawsze pełen optymizmu zawodnik.
Ostatecznie do regularnej gry wrócił dopiero na początku obecnego sezonu. Kontuzję udało się wyleczyć. Fakt, że dopiero po częstych wizytach w austriackiej klinice, spowodował komentarze kwestionujące fachowość decyzji podejmowanych przy leczeniu chorej nogi przez lekarza Legii. Nawet sam Szałachowski nie był zadowolony z terapii zastosowanej przez Machowskiego. W każdym razie ten sezon miał być przełomowy. I do feralnego meczu z Cracovią taki był. "Szałach", w dobrze ostatnio grającej Legii, był wyróżniającą się postacią.
Dziś wiemy już, że nie zagra do końca tego roku. Złamana noga wymagała założenia gipsu. Póki co obyło się bez poważniejszych operacji. Na pewno sztab warszawskiego zespołu będzie dmuchał na zimne i zachowa wszelkie środki ostrożności przy leczeniu piłkarza. Być może szybciej niż poprzednio zostanie wysłany na konsultację do Austrii. Prognozy są optymistyczne i zakładają powrót do składu na wiosnę. Na pewno Szałachowski, nawet w przypadku pogorszenia się sytuacji, nie podda się bez walki i trzeba mu w tej walce życzyć powodzenia