Federer, który w lutym przegrał z Isnerem w Pucharze Davisa, wygrał 16 mecz z rzędu i zdobył trzeci tytuł w sezonie (Rotterdam, Dubaj) oraz 73. w karierze (bilans finałów 73-30). Szwajcar święcił 19. triumf w cyklu Masters 1000, dzięki czemu wyrównał osiągnięcie Rafaela Nadala. Były lider rankingu od czasu porażki w półfinale US Open 2011 z Novakiem Đokoviciem wygrał 39 z 41 meczów ubiegły sezon wieńcząc wiktoriami w Bazylei, Paryżu-Bercy oraz Finałach ATP World Tour. Poza Isnerem w tym sezonie pokonał go jeszcze tylko Nadal po pięciosetowym boju w półfinale Australian Open. Dla 26-letniego Amerykanina, który w poniedziałek zadebiutuje w Top 10 rankingu, był to pierwszy finał w cyklu Masters 1000 (łączny bilans jego finałów to teraz 3-6).
Federer rozpoczął mecz od gema serwisowego na sucho. Większe problemy miał Isner, który w drugim gemie od 0-30 zgarnął cztery punkty. W trzecim gemie były lider rankingu uratował się po obronie dwóch break pointów, a kolejne nie miały historii, serwujący szli jak burza. Tak było aż do 12. gema, w którym Isner wrócił z 0-30 i po odparciu setbola doprowadził do tie breaka. W decydującej o wyniki I seta rozgrywce Federer po uzyskaniu mini breaka przy 4-3 zrobił podwójny błąd. Przy 6-5 i 7-6 Szwajcar zmarnował kolejne dwie piłki setowe popełniając forhendowe błędy. Niesamowity bekhendowy lob dał byłemu liderowi rankingu czwartą szansę na skończenie seta, którą wykorzystał wygrywającym serwisem. W trwającej 54 minuty partii Federer zanotował 17 kończących uderzeń przy 10 niewymuszonych błędów oraz obronił trzy break pointy. Szwajcar oddał tylko dwa punkty przy swoim pierwszym podaniu.
W siódmym gemie II seta Federer bekhendowym minięciem wzdłuż linii uzyskał dwa break pointy i wykorzystał już pierwszego (wolej Isnera wylądował w siatce). Mecz Szwajcar zakończył w dziewiątym gemie jeszcze raz przełamując rywala, przy pierwszym meczbolu Amerykanin wpakował forhend w siatkę. W trwającym jedną godzinę i 21 minut spotkaniu były lider rankingu przy swoim pierwszym podaniu zgarnął 33 z 35 punktów (w II secie 13 z 13), zaserwował siedem asów oraz wykorzystał dwa z trzech break pointów. Dla Federera, który zaliczył 29 kończących uderzeń, to czwarty triumf w Indian Wells (2004-2006).