System rozgrywek jest identyczny jak w sezonie 2012/2013. Najpierw zespoły I, II ligi oraz kluby z niższych lig, które się zgłoszą rozegrają swój etap. Trzy najlepszy drużyny awansują już do rozgrywek centralnych wraz z ekipami z TBL.
,,Puchar jest rozgrywany w systemie przegrywający odpada, w formie pojedynczych meczów w każdej rundzie. Pary wyłaniane są w losowaniu. Do IV rundy włącznie przy rozstawieniu do losowania zastosowane zostanie kryterium geograficzne. Gospodarzem każdego meczu jest drużyna z niższej ligi lub wyłaniany jest on w losowaniu."
Pucharu Polski PZKosz broni ekipa KKK MOSiR Krosno, a rozgrywki na szczeblu PLK wygrał Trefl Sopot.
Terminarz rozgrywek Pucharu Polski PZKosz:
Zgłoszenia drużyn spoza 1 Ligi Mężczyzn i 2 Ligi Mężczyzn – do 30 września 2013
Losowanie I rundy – 1 października 2013
I runda – 23 października 2013
Losowanie II rundy – 24 października 2013
II runda – 6 listopada 2013
Losowanie III rundy – 7 listopada 2013
III runda – 20 listopada 2013
Losowanie IV rundy – 21 listopada 2013
IV runda – 4 grudnia 2013
Przyznanie organizacji turnieju Final Four – najpóźniej 12 grudnia 2013
Final Four PZKosz – 28-29 grudnia 2013
3 najlepsze zespoły awansują do fazy centralnej z udziałem zespołów z PLK.
Terminy fazy centralnej prowadzonej przez PLK SA:
Losowanie I rundy centralnej – 3 stycznia 2014
I runda – 15 stycznia 2014
Losowanie II rundy – 16 stycznia 2014
II runda – 5 lutego 2014
Final Four: 8-9 lutego 2013