Sezon 2008-2009, podobnie jak poprzedni, Marcus Brown zaczął w kowieńskim Żalgirisie. Przed parafowaniem kontraktu z koszykarzem w lato 2007 roku, trener stołecznego klubu, Rimantas Grigas widział w zawodniku idealnego kandydata na lidera zespołu. Jak pokazały później rozgrywki euroligowe oraz krajowe, Brown był kluczowym graczem ataku, notując na wszystkich parkietach około 14 punktów na mecz.
Również i ten sezon miał przynieść dobre występy 34-letniego Amerykanina. Ostatecznie jednak drogi koszykarza oraz jego klubu rozeszły się z różnych przyczyn. Po pierwsze, Brown nie prezentował już formy z ubiegłego sezonu. Wystąpił w czterech spotkaniach Ligi Bałtyckiej, i choć uzyskiwał przyzwoite 11 oczek w każdym spotkaniu, swoje zdobycze punktowe gromadził na bardzo słabej skuteczności - 28 procent za dwa oraz 26 procent za trzy. Co gorsza, jego zespół przegrał trzy z czterech spotkań. Dlatego też, działacze klubowi rozważali możliwość ugodowego zerwania kontraktu z graczem przez ostatnie kilka dni. Owa sytuacja nie znalazłaby jednak przełożenia na rzeczywistości, gdyby nie problemy finansowe z jakimi od pewnego czasu boryka się Żalgiris. Chodzi o przychody pochodzące z miasta Kowno, które jest sponsorem i zarazem udziałowcem koszykarskiego zespołu. Miasto zobowiązało się do przekazania konkretnej kwoty, lecz póki co, pieniędzy na klubowym koncie nadal nie ma.
Z tego też tytułu sternicy Żalgirisu podjęli decyzję o przyspieszeniu rozstania z zawodnikiem ze Stanów Zjednoczonych, który notabene, był jednym z lepiej zarabiających członków zespołu. Obie strony porozumiały się bez przeszkód, zaś kilka godzin później agent koszykarza, Craig McKenzie mógł ogłosić, iż Brown znalazł nowego pracodawcę - izraelskiego hegemona Maccabi Elektra Tel Awiw!
Włodarze izraelskiego zespołu od pewnego czasu poszukiwali koszykarza obdarzonego instynktem strzeleckim na pozycję numer dwa, czyli rzucającego obrońcy. Owe poszukiwania okazały się jak najbardziej owocne. Brown to uznana marka w Europie. Jest najlepszym strzelcem w historii Euroligi. Grał Benettonie Treviso, Efesie Pilsen Stambuł, CSKA Moskwa, Unicaji Malaga czy Pau Orthez - a więc w najlepszych zespołach Starego Kontynentu. Dlatego więc przenosiny do wicemistrza Izraela, który w tym sezonie chce powrócić na mistrzowski tron, dziwić nie mogą.
- W tym biznesie nigdy nie wiesz co przyniesie nowy dzień. Raz grasz tu, raz grasz tam. Oczywiście będę bardzo tęsknił za moim poprzednim klubem - Żalgirisem - i jego kibicami. W Kownie spędziłem fantastyczny czas, lecz teraz muszę się skupić już tylko na moim nowym zespole. Jestem bardzo podekscytowany. To wielki honor móc występować w koszulce tego klubu. Maccabi to nie tylko tradycja ligi izraelskiej, to dziedzictwo rozgrywek europejskich. Moim celem jest zdobyć teraz jak najwięcej trofeów z Maccabi - powiedział koszykarz dla jednego z zagranicznych portali internetowych.