Na koniec sezonu stracił piątą pozycję w klasyfikacji generalnej na rzecz Colina Edwardsa w ostatnim wyścigu w Walencji, zajmując ósme miejsce. Szef Hondy Shuhei Nakamoto powiedział: - Wymagamy od niego czegoś więcej. Posiada talent, ale nie był w stanie go wykorzystać.
Honda ostrzegła Andrea Dovizioso, że musi poprawić swoje osiągnięcia w sezonie 2010. Poza świetnym występem na mokrym Donington Park, gdzie wygrał, pierwszy sezon w fabrycznej Hondzie był wielkim rozczarowaniem i Włoch nie wywalczył już więcej żadnego miejsca na podium.
