Stoner dwukrotnie wyjeżdżał poza tor, raz w zakręcie nr 1 i raz na nawrocie, jednak w obu przypadkach obyło się bez szkód. Motocyklista był pierwszym zawodnikiem który w ostatnich piętnastu minutach pokonał barierę 1 minuty i 48 sekund. Wrócił do boksu z najlepszym czasem okrążenia z ostatniego przejazdu. Rossi wyjechał na swój ostatni przejazd i w ostatnim sektorze wykręcił świetny wynik co pozwoliło mu na znalezienie się na czele stawki.
Jorge Lorenzo również miał moment kiedy był najszybszy, w końcówce jednak pokonali go Rossi i Stoner. Motocykliści Suzuki również spisywali się nieźle, Chris Vermeulen i Loris Capirossi zajęli odpowiednio czwarte i szóste miejsce. Zostali rozdzieleni przez Colina Edwardsa.
Honda miała słaba sesję, debiutant Yuki Takahashi spędził większość sesji w czołowej dziesiątce. Za to poniżej oczekiwań zawodnicy fabrycznego zespołu, Andrea Dovizioso oraz Dani Pedrosa. Włoch dopiero w końcówce zapewnił sobie siódmy czas.
Marco Melandri był ósmy, przed Tonim Eliasem z Hondy Gresini oraz James Toseland z Tech 3.
Jedyny upadek zaliczył Mika Kallio. To jego pierwszy incydent w startach w MotoGP. Pomimo tego że został wyrzucony w powietrze i upadł wprost na swój motocykl, zakończyło się bez urazu i Fin mógł wrócić na tor jednak wynik czasowy był słaby.
Wyniki 1. treningu przed GP Japonii:
1. Valentino Rossi (Yamaha) 1m48.545s
2. Casey Stoner (Ducati) 1m48.601s +0.056
3. Jorge Lorenzo (Yamaha) 1m48.965s +0.420
4. Chris Vermeulen (Suzuki) 1m49.382s +0.837
5. Colin Edwards (Tech 3 Yamaha) 1m49.697s +1.152
6. Loris Capirossi (Suzuki) 1m49.980s +1.435
7. Andrea Dovizioso (Honda) 1m50.030s +1.485
8. Marco Melandri (Hayate Kawasaki) 1m50.123s +1.578
9. Toni Elias (Gresini Honda) 1m50.209s +1.664
10. James Toseland (Tech 3 Yamaha) 1m50.342s +1.797
11. Dani Pedrosa (Honda) 1m50.391s +1.846
12. Nicky Hayden (Ducati) 1m50.393s +1.848
13. Yuki Takahashi (Scot Honda) 1m50.404s +1.859
14. Sete Gibernau (Hernando Ducati) 1m50.538s +1.993
15. Alex de Angelis (Gresini Honda) 1m50.601s +2.056
16. Randy de Puniet (LCR Honda) 1m50.669s +2.124
17. Mika Kallio (Pramac Ducati) 1m51.643s +3.098
18. Niccolo Canepa (Pramac Ducati) 1m51.929s +3.384
