Już przygotowania przed rozpoczęciem sezonu mogły niepokoić łowickich kibiców. Ówczesny zarząd, na czele z Januszem Białasem, zagapił się i nie przygotował do rozgrywek stadionu. Spowodowało to, że Pelikan był jedną z drużyn, które nie otrzymały licencji na drugą ligę w pierwszym terminie. Na stadionie rozpoczęły się prace remontowe. Czasu było niewiele, więc potrzebne były tymczasowe rozwiązania, między innymi sprowadzenie z Bielska-Białej przenośnej trybuny. Czas przed sezonem został, więc w pełni poświęcony przygotowaniom organizacyjnym. Udało się i Pelikan Łowicz mógł grać w II lidze. Jednak klub bardzo mało uwagi poświęcił na skład i Jacek Cyzio, trener Ptaków, musiał w większości korzystać z piłkarzy, którzy w II lidze nigdy nie grali i nie dorównywali umiejętnościom zawodnikom innych drużyn.
W 1. kolejce do Łowicza przyjechał inny beniaminek - Znicz Pruszków. Stadion na ul. Starzyńskiego wypełnił się po brzegi, kibice liczyli na to, że zobaczą pierwsze historyczne zwycięstwo w II lidze. Tymczasem po spotkaniu opuszczali stadion ze smutnymi minami, biało-zieloni po słabej grze przegrali 0:2, a gdyby nie dobra postawa w bramce Mariusza Jędrzejewskiego, to mogła to być znacznie wyższa porażka. Pelikan pierwsze punkty w drugiej lidze zdobył w meczu 3. kolejki. Podopieczni Jacka Cyzio postarali się o sporą niespodziankę i rozbili na własnym stadionie Stal Stalowa Wola 5:0. Okazało się, że było to jedno z nielicznych zwycięstw drużyny w sezonie. Kolejny punkt drużyna zdobyła w meczu 5. kolejki z Turem Turek. W Łowiczu padł remis 1:1. Po tym spotkaniu drużyna Pelikana przez dziewięć kolejnych meczów nie zdobyła nawet jednego punktu. W międzyczasie zmienił się trener. Jacka Cyzio zastąpił Marek Chojnacki. Podczas jego kadencji drużyna większość spotkań przegrała różnicą czterech bramek. Po porażce z Wartą Poznań zarząd podziękował Chojnackiemu i drużynę przez kilka kolejek zmuszeni prowadzić byli najstarsi piłkarze Pelikana: Robert Wilk i Bogdan Jóźwiak. Niespodziewanie pod ich wodzą Pelikan zaczął grać lepiej i w 15. serii spotkań odniósł niespodziewane zwycięstwo nad ŁKS Łomża 4:2. Następne spotkanie Pelikan szczęśliwie zremisował z Kmitą Zabierzów 1:1. Po tym remisie drużynę objął Bogdan Pisz i od razu odmienił łowicką jedenastkę. Już w pierwszym meczu pod jego wodzą Pelikan w Katowicach nieznacznie przegrał 1:2, a w następnym spotkaniu zdobył pierwszy wyjazdowy punkt w drugiej lidze, remisując 2:2 ze Zniczem Pruszków. W ostatnim meczu w 2007 roku łowiczanie nieznacznie przegrali u siebie z ówczesnym liderem ligi, Śląskiem Wrocław 2:3.
W trakcie rozgrywek w Pelikanie zmienił się prezes. Janusza Białasa zastąpiła Jolanta Papuga. W Łowiczu szybko rozpoczęły się prace remontowe na stadionie i na początku nowego roku zaczęła powstawać nowa trybuna. Więcej uwagi poświęcono trenerowi, który mógł spokojnie zająć się transferami; sprowadził do Łowicza aż sześciu nowych piłkarzy i podziękował ośmiu zawodnikom. W jedenastce Pisza znajdowało się jedynie trzech piłkarzy, którzy grali w rundzie jesiennej. Do składu po kontuzji wrócił Maciej Wyszogrodzki, który okazał się być jednym z najważniejszych ogniw drużyny.
Rozgrywki w 2008 roku Pelikan rozpoczynał w Stalowej Woli. Łowiczanie zdawali sobie sprawę, że jeżeli chcą się utrzymać w lidze, to powinni pierwsze spotkanie wygrać. Udało im się to połowicznie. Dzięki bardzo dobrej postawie Marcina Ludwikowskiego w bramce, biało-zieloni zachowali czyste konto i pojedynek zakończył się bezbramkowym remisem. Pierwszy mecz przed własną publicznością w 2008 roku to spotkanie z Arką Gdynia. Faworyt był tylko jeden, ale łowiczanie zagrali bardzo dobry mecz i bezbramkowo zremisowali, będąc drużyną przeważającą. Następnie Pelikan wygrał w Turku 2:0 i odniósł kolejne dwa bezbramkowe remisy ze znacznie wyżej notowanymi rywalami: Piastem Gliwice i Wisłą Płock. Po tych kilku meczach okazało się, że silnym punktem drużyny jest defensywa, gorzej było z atakiem, formę zgubił gdzieś Robert Wilk, który do zdobytych 10 bramek jesienią, wiosną dopisał tylko jedną. Po meczach z drużynami teoretycznie silniejszymi do Grodu Pelikana przyjechał GKS Jastrzębie. - Był to mecz, którego Pelikan nie miał prawa przegrać - przyznał Kamil Górski, rzecznik prasowy drużyny. Biało-zieloni po słabej grze przegrali jednak 0:1. W kolejnych dwóch spotkaniach łowiczanie zdobyli 4 punkty, remisując w Warszawie z Polonią i pokonując u siebie Odrę Opole. 30 kwietnia drużyna grała mecz w Lublinie. Autobus z piłkarzami wyjechał z Łowicza do oddalonego o 240 km Lublina w dniu meczu. Okazało się to fatalnym rozwiązaniem ponieważ drużyna w ostatniej chwili stawiła się na stadionie Motoru i piłkarzom biało-zielonych nie starczyło już czasu na rozgrzewkę. Miejscowi odnieśli pewne (3:0) zwycięstwo. Podczas 29. serii gier do Łowicza przyjechał lider, Lechia Gdańsk. Spotkanie mogło zakończyć się sensacją ponieważ do 73. minuty ostatnia drużyna ligi prowadziła z liderem 2:0. Jednak dosłownie w ostatnich sekundach spotkania remis przyjezdnym uratował Maciej Rogalski zdobywając bramkę w ogromnym zamieszaniu. 7 maja Pelikan grał mecz ostatniej szansy w Poznaniu z Wartą. Łowiczanie przegrali 1:2 i stracili w 90 proc. szansę na utrzymanie, tym bardziej, że w następnej kolejce przegrali z Podbeskidziem 1:3. Ostatnie trzy mecze to godne pożegnanie z ligą. Pelikan pokonał w Łomży ŁKS 2:0, zremisował na wyjeździe z Kmitą Zabierzów 1:1 i w ostatniej kolejce ograł 2:0 GKS Katowice.
Tak przedstawia się sezon 2007/2008 w wykonaniu Pelikana Łowicz. Podczas rundy wiosennej łowiczanie spisywali się bardzo dobrze i jeżeli drużyna grałaby tak przez cały sezon to miałaby szanse zająć miejsce nawet w pierwszej dziesiątce ligi. Cały czas pokutowała jednak jesień. Kibice Pelikana z pewnością już w przyszłym sezonie chcieliby zobaczyć ich na drużynę na boiskach zaplecza ekstraklasy. Zadanie to będzie bardzo trudne, ponieważ po reorganizacji ligi nowa II liga będzie znacznie silniejsza. Również ciężko będzie utrzymać piłkarzy, którzy świadczyli o sile drużyny. Drużynę opuścił już Marcin Staniek, który przeszedł do Kmity Zabierzów. W najbliższym czasie odejdzie również Arkadiusz Sojka. Ciężko będzie zatrzymać Macieja Wyszogrodzkiego i Marcina Pacana, którzy dostali kilka propozycji z ekstraklasy. Kontrakt kończy się również lewemu obrońcy z Czech: Jozefowi Petrikowi. Nie wiadomo, czy kariery nie zakończą najbardziej doświadczeni piłkarze w kadrze Ptaków: Robert Wilk i Bogdan Jóźwiak. Skład drużyny w najbliższym czasie jest więc wielką niewiadomą. Zarząd klubu nie chce również otwarcie mówić o celach na najbliższy sezon. W najbliższym czasie może wyjaśnić się jedynie sytuacja kadrowa drużyny. 19 czerwca odbędzie się pierwszy trening, po którym władze klubu powinny wiedzieć, czy piłkarze nadal chcą reprezentować barwy Pelikana.
