Piłkarze ręczni walczący o Puchar EHF rywalizację rozpoczną 6 września, kiedy to w pierwszej rundzie sześć najsłabszych zespołów po losowaniu zmierzy się ze sobą w dwumeczu. Trzy najlepsze ekipy awansują do drugiej rundy. W tej fazie rozgrywek oprócz wyżej rozstawionych drużyn do rywalizacji przystąpi osiem zespołów, które odpadną w eliminacjach Ligi Mistrzów. Do dalszych rozgrywek awansuje szesnaście klubów, które wygrają swoje pojedynki. W trzeciej rundzie do walki o Puchar EHF przystąpią wicemistrzowie Polski, piłkarze ręczni MKS Zagłębia Lubin. Polski zespół znalazł się w pierwszym koszyku, zatem jego rywalem będzie któraś z drużyn rywalizująca w drugiej rundzie. Zagłębie trafi na teoretycznie słabszego przeciwnika. W tym gronie wymagającymi rywalami są IK Sävehof, Fram czy Portovik Yuzhny.
Runda 3
Pierwszy mecz: 15/16.11.08
Rewanż: 22/23.11.08
Pierwszy koszyk:
VfL Gummersbach
TBV Lemgo
Arhus GF
CAI BM Aragon
US Ivry HB
RK Gorenje
TSV St. Otmar St. Gallen
Zarja Kaspija Astrakhan
MKS Zagłębie Lubin
Komloi BSK
SC Magdeburg
Bjerringbro-Silkeborg
J.D. Arrate
US Creteil Handball
RK Merkur
DKSE-Airport Debrecen
Drugi koszyk:
+ 16 zespołów z Rundy 2
Runda 2
Pierwszy mecz: 11/12.10.08
Rewanż: 18/19.10.08
Pierwszy koszyk:
Portovik Yuzhny
RK Nexe
IK Sävehof
Os Belenenses
Fram
ASK-AB.LV Riga
HC Kehra
H.C. Kolubara
+ 8 przegranych zespołów z eliminacji Ligi Mistrzów
Drugi koszyk:
HC Lokomotiv MB Varna
SKA Minsk
Aon Fivers WAT Magareten
Hapoel Rishon Le'Zion
G.A.S. Kilkis
Pallamano Conversano
Milli Piyango SK
HRK Izvidac
Hellas
Elverum Handball
Intercollege
HC Berane
KH Pristina
+ 3 zespoły z Rundy 1
Runda 1
Pierwszy mecz: 06/07.09.08
Rewanż: 13/14.09.08
Pierwszy koszyk:
Neistin
SKH DIU Shumen
Maccabi Rishon Le'Zion
Drugi koszyk:
HV KRAS/Volendam
HC Tbilisi
HC Lovcen Cetinje
