Problemy zdrowotne zawodniczki zaczęły się pod koniec 2005 roku, kiedy Molik zachorowała na zapalenie ucha środkowego. Powikłania, jakie dotknęły Australijkę zmusiły ją do zaprzestania gry w tenisa aż do maja kolejnego roku.
W sezonie 2007 Molik zaczęła grać wyjątkowo dobrze. Regularnie przechodziła pierwsze rundy większości turniejów z cyklu WTA, doszła też do trzeciej rundy Australian Open i drugiej French Open. Pod koniec sezonu odnotowała też wygraną nad Agnieszką Radwańską.
Powszechnie lubiana zarówno wśród kibiców, jak i przez inne tenisistki zawodniczka nie załamuje się jednak faktem rezygnacji z tenisa. - To wcale nie jest smutny dzień. Smutek jest wtedy kiedy siedzę w pokoju hotelowym po wysokiej porażce w pierwszej rundzie turnieju, albo kiedy jestem tak załamana, że wyłączam na dwa dni telefon, bo nie chcę z nikim rozmawiać. Ten dzień jest dla mnie raczej emocjonujący - powiedziała Molik dla australijskiej gazety "Herald Sun" i dodała - Kiedy byłam na ósmym miejscu na świecie, zdobyłam olimpijski medal, pokonywałam najlepsze zawodniczki na świecie nie myślałam nawet o zakończeniu kariery. Teraz jednak myślę, że miałam aż 11 lat kariery. To niesamowity okres czasu. Jednak teraz instynkt podpowiada mi, że już czas skończyć z zawodowym tenisem i zająć się czymś innym.
Duży wpływ na decyzję zawodniczki miał słaby występ w Pekinie. W turnieju olimpijskim Australijka odpadła w pierwszej rundzie singla i debla, w grze pojedynczej zdobywając tylko dwa gemy przeciwko Marii Jose Martinez Sanchez z Hiszpanii. W Pekinie Alicia Molik broniła brązowego medalu z Aten z sezonu 2004.
Alicia wygrała w karierze sześć zawodów rangi WTA w singlu i osiem w deblu (w tym wielkoszlemowy French Open). Podczas zawodniczej kariery włączała się też w akcje charytatywne - jedną z nich było postanowienie, że za każdego asa serwisowego w meczu półfinałowym turnieju w Zurychu w 2005 roku, przekaże po 1000 dolarów australijskich dla ofiar pożarów lasów w południowej Australii. Molik podarowała w ten sposób 9000 dolarów australijskich.