Podczas pierwszej części kwalifikacji, przeznaczonej dla słabszych zawodników, najlepiej wypadli Maverick Vinales oraz Scott Redding. Tym samym Hiszpan i Brytyjczyk awansowali do kolejnego etapu sesji kwalifikacyjnej i pozostali w walce o pole position.
Główne role w drugiej sesji kwalifikacyjnej odegrali jednak Valentino Rossi oraz Jorge Lorenzo. "Doctor" od początku weekendu w Japonii jest wolniejszy od Hiszpana, ale podczas kwalifikacji wykorzystał swoje doświadczenie. 36-latek wyjechał na tor zaraz za swoim głównym rywalem w walce o tytuł mistrzowski i dzięki holowaniu uzyskał najlepszy czas. Po chwili "Por Fuera" odpowiedział jeszcze lepszym wynikiem.
Pod koniec kwalifikacji zawodnicy zmienili opony na nowe i po raz kolejny Rossi wykorzystał rywala jadącego przed sobą. Dzięki jeździe za Danim Pedrosą włoski motocyklista poprawił swój wynik i ponownie objął prowadzenie w kwalifikacjach. Rzutem na taśmę ten wynik poprawił Lorenzo - wicelider klasyfikacji generalnej mistrzostw świata wyprzedził Rossiego o 0.081 s.
O sporym pechu w Japonii może mówić Bradley Smith. Brytyjczyk podczas treningów dysponował dobrym tempem, ale w kwalifikacjach zanotował dwa upadki. W efekcie zawodnik Monster Yamaha Tech3 uzyskał dopiero dziewiąty czas.
Wyniki kwalifikacji do wyścigu o Grand Prix Japonii:
| Pozycja | Zawodnik | Zespół | Czas/strata |
|---|---|---|---|
| 1 | Jorge Lorenzo | Movistar Yamaha MotoGP | 1:43.790 |
| 2 | Valentino Rossi | Movistar Yamaha MotoGP | +0.081 |
| 3 | Marc Marquez | Repsol Honda Team | +0.426 |
| 4 | Andrea Dovizioso | Ducati Team | +0.532 |
| 5 | Andrea Iannone | Ducati Team | +0.646 |
| 6 | Dani Pedrosa | Repsol Honda Team | +0.792 |
| 7 | Aleix Espargaro | Suzuki Team Ecstar | +1.019 |
| 8 | Cal Crutchlow | LCR Honda | +1.142 |
| 9 | Bradley Smith | Monster Yamaha Tech3 | +1.277 |
| 10 | Maverick Vinales | Suzuki Team Ecstar | +1.291 |
| 11 | Pol Espargaro | Monster Yamaha Tech3 | +1.429 |
| 12 | Scott Redding | Marc VDS Estrella Galicia | +1.543 |
Kto wygra wyścig o Grand Prix Japonii? 
