Były trener akademików ster nad zespołem przejął 17 grudnia 2011 roku. W roli pierwszego trenera zadebiutował podczas wyjazdowego spotkania przeciwko Startowi Gdynia. Mecz ten zakończył się zwycięstwem szczecińskiego AZS-u. Wojciech Zeidler na swoim stanowisku zastąpił trenera Zbigniewa Majcherka, który wprowadził akademików na zaplecze koszykarskiej ekstraklasy, jednak w sezonie 2011/2012 podał się do dymisji.
- Po sezonie szybko poczyniliśmy z władzami klubu pewne ustalenia co do ewentualnej współpracy w kolejnym sezonie. Zarząd wyraził chęć przedłużenia kontraktu, ale przez kolejne tygodnie sprawy nie przesunęły się nawet o centymetr. Dla mnie to jednoznaczne. W Szczecinie nie zostanę, ale życzę temu klubowi powodzenia i jeszcze raz dziękuję prezesowi Zbigniewowi Nagayowi za zaufanie, którym obdarzył mnie w minionych rozgrywkach - komentuje Wojciech Zeidler, były szkoleniowiec AZS-u Radex Szczecin.