Przygodę z krajowym pucharem białostoczanie rozpoczęli z Tychach, gdzie zmierzyli się z drugoligowym GKS. Faworyt długo zawodził i nie mógł poradzić sobie z dobrze grającym zespołem gospodarzy. Dopiero w doliczonym czasie gry drugiej części dogrywki Kamil Grosicki zdobył bramkę na wagę awansu. - Wiedzieliśmy, że będzie to trudny mecz, ale się trochę przeliczyliśmy i spotkanie mogło się różnie zakończyć. Trzeba przyznać, że trzy minuty przed końcem dogrywki mieliśmy ogromne szczęście, bo piłka po strzale Mariusza Masternaka przeszła minimalnie obok słupka - mówił "Grosik".
W 1/8 finału żółto-czerwoni zmierzyli się na wyjeździe z Arką. Jagiellończycy w Gdyni byli również blisko odpadnięcia, gdyż przed końcem spotkania Rafał Gikiewicz obronił rzut karny strzelany przez Adriana Mrowca. Ponownie żółto-czerwoni pokazali, że dogrywki są ich domeną i za sprawą Kamila Grosickiego (wywalczył dwa karne) oraz Tomasza Frankowskiego, który wykorzystał obie "jedenastki", awansowali do ćwierćfinału.
Kolejnym przeciwnikiem Jagi była Korona Kielce. Po katastrofalnym występie w stolicy Gór Świętokrzyskich białostoczanie byli praktycznie za burtą (1:3). W Białymstoku zdołali jednak wrócić na pokład i po świetnym meczu rozgromili rywali 3:0.
Półfinał z Lechią Gdańsk miał być dla Jagi teoretycznie najtrudniejszym testem w krajowym pucharze. Teoretycznie to nie znaczy praktycznie. Drużyna Probierza losy spotkania rozstrzygnęła w Trójmieście, gdzie wygrała 2:1. Rewanż w Białymstoku był formalnością i Jagiellonia dzięki remisowi 1:1 awansowała do finału.
