Baran został zawodnikiem Cracovii w styczniu 2003 roku. Co ciekawe, krakowski klub nie był w stanie sam zapłacić kwoty żądanej przez Stal Rzeszów, więc wychowanek JKS-u Jarosław z własnej kieszeni dołożył do transakcji! Wiosną sezonu 2002/2003 Baran z miejsca stał się podstawowym graczem ekipy Wojciecha Stawowego, która wywalczyła awans do ówczesnej II ligi. W kolejnym sezonie był jednym z najważniejszych architektów powrotu Cracovii do ekstraklasy po 20 latach przerwy.
Na najwyższym szczeblu rozgrywkowym Baran rozegrał dla Pasów 137 spotkań i strzelił 4 bramki. W sumie bilans jego oficjalnych występów w Cracovii zamknął się na 201 meczach i 6 golach. Od 2007 roku pełnił funkcję kapitana zespołu. Po odejściu Barana, w Cracovii pozostał już tylko jeden zawodnik, który pamięta drogę z III ligi do ekstraklasy - Marcin Cabaj.
Przed trwającym sezonem Baran decyzją trenera Rafała Ulatowskiego został odsunięty od pierwszej drużyny Cracovii i wystawiony na listę transferową. Podobna sytuacja miała miejsce latem 2009 roku, kiedy do Młodej Ekstraklasy przesunął go Artur Płatek. Po tym, jak ten szkoleniowiec stracił pracę w Pasach, jego następca, Orest Lenczyk znów zaczął korzystać z usług Barana. Tym razem zawodnik jednak zdecydował się nie czekać na uśmiech losu i rozwiązał umowę z klubem za porozumieniem stron.
