Makowski jest absolutnym wychowankiem Legii Warszawa. Do akademii stołecznego klubu trafił w wieku ośmiu lat i przeszedł przy Łazienkowskiej 3 wszystkie szczeble piłkarskiej edukacji.
[ad=rectangle]
W minionej kampanii zebrał pierwsze szlify w seniorskiej piłce, występując w III-ligowych rezerwach Legii, a sezon 2014/2015 zakończył jako mistrz Polski U-19.
Gdy w czerwcu sięgał z Wojskowymi po złoty medal mistrzostw Polski juniorów starszych, był już członkiem kadry I zespołu Legii. Trener Henning Berg włączył go do swojej drużyny w przerwie zimowej minionego sezonu, a w marcu Makowski związał się z Wojskowymi nowym, mającym obowiązywać do czerwca 2018 roku kontraktem.
Wychowanek Legii rozwija się harmonijnie i 6 sierpnia - dzień po 19. urodzinach - zadebiutował w I zespole Wojskowych. W rewanżowym spotkaniu III rundy el. Ligi Europy z FK Kukesi (1:0) wszedł do gry na ostatnie pół godziny, a już trzy dni później znalazł się w wyjściowej "11" Legii na ligowy klasyk z Wisłą Kraków (1:1).
Nie ma wątpliwości co do tego, że do Makowskiego uśmiechnął się los, ponieważ kontuzjowani są Ivica Vrdoljak, Tomasz Jodłowiec i Michał Masłowski, a na rozgrzewce przed spotkaniem z Białą Gwiazdą okazało się, że z powodu urazu kolana nie będzie mógł zagrać także Michał Pazdan, ale 19-latkowi trzeba oddać, że wykorzystał swoją szansę, czym zasłużył sobie na słowa pochwały od trenera Berga.
- Rafał Makowski zagrał z Wisłą bardzo dobrze. Był to jego pierwszy występ w wyjściowym składzie i to przeciwko drużynie, która tydzień wcześniej wygrała z Lechem Poznań - mówi opiekun Wojskowych.
- Gra na takim poziomie to dla niego nowość, ale wiemy, że to utalentowany zawodnik i te występy są dla niego bezcenne. Dobrze, że jest z nami i możemy z niego skorzystać, kiedy inni zawodnicy są kontuzjowani - dodaje norweski szkoleniowiec, który widzi Makowskiego także w roli środkowego obrońcy.