Pomocnik swoją przygodę z seniorską piłką zaczynał od gry w rezerwach Legii Warszawa, następnie cały sezon 2012/13 rozegrał w ekipie Młodej Ekstraklasy. Potem trafił na wypożyczenie do I-ligowego Kolejarza Stróże.
Po tym jak po rundzie jesiennej wrócił do Warszawy i wyjechał z Legią na obóz, wiosną został już pod okiem szkoleniowców stołecznego klubu w III-ligowej drużynie rezerw. Natomiast w roku 2015 Michał Bajdur trafił na wypożyczenie do Dolcanu Ząbki, gdzie spędził miniony rok (rundę wiosenną oraz jesienną). Łącznie rozegrał 30 meczów i strzelił 8 bramek.
We wtorek 21-letni piłkarz Legii trenował z Zagłębiem Sosnowiec. - Do uzgodnienia zostały ostatnie szczegóły - zdradził dyrektor sportowy klubu, Robert Stanek. Dodajmy, że beniaminek jest zainteresowany wypożyczeniem również innych młodych legionistów.
