Sascha Lewandowski trenerską karierę rozpoczął w 2003 roku w VfL Bochum, a od 2007 roku przez blisko pięć lat prowadził drużyny juniorskie Bayeru Leverkusen. W kwietniu 2012 roku został trenerem pierwszego zespołu Aptekarzy wespół z Samim Hyypią. W duecie z Finem poprowadził Bayer w ponad 50 pojedynkach.
Po zakończeniu sezonu 2012/2013 Lewandowski ponownie zajął się szkoleniem młodzieży, ale do Bundesligi jeszcze powrócił - jako trener tymczasowy po zwolnieniu Hyypii w końcówce edycji 2013/2014. Samodzielnie prowadził Bayer w pięciu spotkaniach ligowych, sięgając po cztery zwycięstwa i remis.
We wrześniu 2015 roku Lewandowski objął II-ligowy Union Berlin, ale w stołecznym zespole nie zagościł na długo - w marcu 2016 roku podał się do dymisji, informując, że cierpi na syndrom wypalenia zawodowego. Planował, iż po kilku tygodniach powróci do pracy, ale ten ruch odradzili mu lekarze. - Nie mam już więcej energii, by prowadzić zespół - tłumaczył.
ZOBACZ WIDEO Nie tylko Lewandowski. Polonia, która rośnie w Monachium