Środkowy reprezentacji Danii przeniósł się do Flensburga przed rozpoczęciem sezonu 2007/08 i od tego czasu był podstawowym zawodnikiem drużyny Wikingów. Kontrakt byłego zawodnika Viborga HK i GOG Svendborga wygasał wraz z końcem obecnych rozgrywek (30 czerwca 2012 roku). 28-letni rozgrywający otrzymał propozycję przedłużenia umowy i bez większego wahania zdecydował się złożyć na niej swój podpis.
- Nie wyobrażam sobie gry w innym miejscu, ja i moja rodzina czujemy się tutaj znakomicie. Moje serce bije dla SG! - powiedział Mogensen. Jego entuzjazm powielają także dyrektor klubu Holger Kaiser oraz szkoleniowiec zespołu, Ljubomir Vranjes. - Thomas jest prototypem idealnego zawodnika SG - zawsze w pełni zmotywowany, wkładający do gry całe swoje serce i duszę - stwierdził Kaiser, a Vranjes dodał: - Cieszymy się, że jest z nami na kolejne trzy lata. Wokół niego chcemy budować zespół.
Od sierpnia 2007 roku Mogensen zaliczył 146 występów w barwach Flensburga w Bundeslidze (553 bramki) oraz rozegrał 35 spotkań w pucharach krajowych i europejskich (133 bramki, razem 181 występów i 686 bramek). Informacja o nowym kontrakcie dla zawodnika przekazana została tuż po ostatnim gwizdku ligowego spotkania przeciwko HBW Balingen-Weilstetten (35:22 dla SG). Poniżej zobaczyć można reakcję kibiców na tę wieść.
